生物气溶胶的浓度、粒径、活性等具有不确定性和不稳定性，不同的生物成分对采样过程的耐受力差异很大，生物成分的分析方法也不相同。在充分考虑生物气溶胶上述特点外，结合采样环境和采样目的,决定采样方法和选用采样器种类。根据采样原理的不同，国标GB/T38517-2020中罗列出了多种常见的生物气溶胶采样器类型。
一：撞击式采样器
撞击式采样器是一种利用惯性作用，通过喷嘴、喷口或裂隙的加速作用把生物气溶胶粒子采集到固体介质表面的气溶胶采样装置。
撞击式采样器通常分为筛孔式和狭缝式两类。其主要区别在于气溶胶穿过喷嘴、喷口或裂隙时的形状差异，不同形状对应的采样流量也各异。
常见的筛孔式采样器之一是安德森采样器，它采用层叠的筛孔结构，这些筛孔具有不同的孔径，可以收集不同粒径范围的气溶胶颗粒。安德森采样器的工作流量通常为28.3L/min。其通过将空气中的浮游菌直接采集到营养琼脂平皿上，采样完成后，可以直接进行培养。通过计数培养基上形成的菌落数量，我们可以推算出采样时的浮游菌数量。
二：冲击式采样器
冲击式采样器是一种利用气流进行冲击、清洗或雾化等过程的装置，以实现将具有足够惯性的生物气溶胶颗粒撞击到液体中并进行采样。这种气溶胶采样装置通常可分为全玻璃液体冲击式采样器和气旋冲击式采样器等几种类型。其最主要的特点是能够直接将空气中的微生物富集到液体中，以方便进行后续的实验分析。
该采样器常被用于户外环境的采样和现场快速检测。然而，该装置的采样流量有限，更适用于高浓度的生物气溶胶采样。此外，由于采样液体的体积有限，在采样过程中，液体可能会发生挥发现象，因此无法用于长时间和大流量的冲击采样操作。
三：过滤式采样器
滤膜式采样器，又称过滤式采样器，是一种通过滤膜材料将生物气溶胶粒子截留在采样装置上的设备。当气溶胶粒子经过滤材时，其受到滤材小孔的阻滞效果以及滤材静电吸引力的阻滞作用。过滤采样器结构简单，通常由采样滤膜载体和气泵组成，采样流量可以根据需求进行灵活调整。该种采样器具有高效采样、可调节的流量范围和简便操作等特点。然而，由于滤膜材料的影响，过滤式采样器的采样效率在长时间工作后会下降，因此不适宜进行超过30分钟的长时间采样。
四：离心式采样器
离心式生物气溶胶采样器是一种利用高速旋转产生的离心力将生物气溶胶粒子与气流分离，并将其撞击到固体介质表面或富集到液体介质中的采样设备。这类采样器亦称为气旋式采样器，通常采用液体作为采样介质，而结构上又分为湿壁气旋式和干壁气旋式两种。
湿壁气旋采样器在采样过程中，生物气溶胶颗粒与湿润的采样管壁接触，并随后进入采样液中。该采样器具有高效采样的特点，采集后的液体样品可直接用于后续试验分析，然而也存在采样液易挥发、采样过程不稳定以及易受污染等缺点的限制。
五：静电吸附采样器
静电吸附采样器是一种利用多种方法给生物气溶胶粒子带上电荷，然后利用电场效应来收集这些带电的生物气溶胶粒子的采样装置。目前常用的带电方式是通过电极的高压放电。然而，这种方法可能导致生物体活性下降和结构损坏。静电富集采样通常被集成到长期连续工作的纸带式收集与监测系统中。
六：自然沉降采样器
自然沉降采样器是一种利用生物气溶胶粒子在重力作用下自然沉降到采样面的采样器，即微生物营养琼脂平皿表面。该采样器的特殊之处在于依赖菌体自行沉降，因此采样时间较长且采样效率较低，无法捕捉环境中长期漂浮的浮游菌。然而，与安德森采样器相比，自然沉降采样器所需的仪器设备较少，因此在洁净间、医院等场所的辅助例行检查中常被使用。需要注意的是，与安德森采样器类似，自然沉降采样器所使用的培养基也不适用于病毒培养。
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